Enterprise全体のセキュリティ設定(Default security configurations)で、特定のリポジトリだけを「適用除外」にすることは可能か。

セキュリティ設定の「Enforced(強制)」が有効な場合、個別リポジトリでの除外はできず、ポリシー設計での対応が必要です。