Site-to-Site VPNにおいて、トランスポートモードでIPsecを使用している場合、IPヘッダのプロトコルフィールド(IPv4 Protocol 50/51)は暗号化されるか。

いいえ、元のIPヘッダはそのまま残り(または一部変更)、プロトコルフィールドはESP(50)またはA