「テンプレートから作成」でアプリを作る際、そのテンプレートに含まれる「ルックアップ」の設定はどうなるか。

同じkintone環境内でテンプレートを展開する場合、ルックアップ参照先のアプリIDは自動的に紐付けられる（参照先アプリが含まれていない場合は空になることもある）。