SOQLクエリにおいて、1つ目のWHERE条件が非選択的でも、2つ目の条件が非常に選択的であればクエリは高速化されるか。

クエリ最適化プログラムは先頭のフィルタから評価するため、最も絞り込める条件を最初に持ってくるのが定石です。