プロファイルと権限セットで競合する設定がある場合(例:一方が有効、他方が無効)、最終的な権限はどうなるか。

Salesforceの権限モデルは「最小権限 + 許可」の積み上げ方式であるため、いずれかで許可されていれば有効になります。