「カスタムフィールド」の「グローバルコンテキスト」を「特定のプロジェクト」限定に変更した際、除外されたプロジェクトのデータはどうなるか。

設定変更によりアクセス不可になりますが、データ自体は内部的に保持され、再設定すれば復元します。